南通大学计算机科学与技术学科是学校重点发展学科，拥有计算机技术专业学位硕士点，设有南通大学阿里云大数据学院。本学科形成了新型计算和软件方法、人工智能与知识工程、网络与信息安全、数据库与信息系统、数字医学工程等 5 个领域方向。该学科现有专职教学科研人员60余人，其中教授7人，副教授31人，博导1人，硕导26人，具有博士学位25人，海外研修经历教师占比33.33%。本学科现有“江苏省六大人才高峰”等省级人才2人，“江苏省青蓝工程”和“南通市226人才”等市厅级人才7人，南通市教学名师2人等，一批中青年教师正在迅速成长，逐步成为本学科的骨干力量。本学科拥有“江苏省实验教学示范中心计算机技术实验教学中心”和中央财政支持地方高校发展项目资助的“计算机应用与软件外包工程训练中心”，同时拥有4个境外合作办学高校。
近年来本学科共发表学术论文500多篇，其中SCI、EI收录250余篇，出版专著教材近20部，承担国家自然科学基金、江苏省自然科学基金等各级各类科研项目70多项，为企事业单位进行科技开发和技术服务项目40多项。本学科中计算机科学与技术专业被评为江苏省高校特色专业，计算机科学与技术、软件工程、网络工程等三个专业被确定为江苏省高校重点建设专业类，计算机科学与技术和软件工程专业为江苏省“卓越工程师教育培养计划”重点建设专业，同时计算机科学与技术在“江苏省卓越工程师教育培养计划”首轮检查工作中被评为全省20 个优秀专业之一。目前本学科正借助近年兴起的大数据、云计算和物联网等技术在加速发展。
本学科培养的学生先后获得“挑战杯”科技作品大赛、挑战杯创业计划大赛、ACM国际大学生程序设计大赛（铜奖2项）、全国大学生软件设计大赛以及全国大学生数学建模等国内外大赛80多项，部分毕业生考取北京大学、南京大学、香港中文大学、美国德克萨斯大学、英国曼切斯特大学、澳大利亚墨尔本大学等国内外著名高校硕士研究生，取得了较好的人才培养成果。