信息科学技术学院于2019年1月由原电子信息学院和原计算机科学与技术学院合并组建，现有电子信息工程、通信工程、电子科学与技术、集成电路设计与集成系统、生物医学工程、电子信息科学与技术、计算机科学与技术、软件工程、网络工程、物联网工程、数据科学与大数据技术、计算机科学与技术(嵌入式培养）、软件工程（嵌入式培养）13个本科专业，其中电子信息工程专业为江苏省高校特色专业，2015年入选江苏高校品牌建设工程一期项目立项专业，2018年通过中国工程教育专业认证，通信工程专业和计算机科学与技术专业为江苏省高校特色专业，电子信息类专业和计算机科学与技术类专业为江苏省高校重点专业类。同时，通信工程、电子科学与技术、计算机科学与技术专业、软件工程专业为江苏省卓越工程教育培养计划专业。
学院现有信息与通信工程、电子科学与技术、生物医学工程、计算机科学与技术、软件工程5个一级学科，其中，通信与信息系统二级学科2005年获得江苏省高校“青蓝工程”优秀学科梯队称号，2006年获得硕士学位授予点，2006年被遴选为江苏省“十一五期间”重点学科，信息与通信工程一级学科2009年被遴选为博士学位授权建设学科，2011年获得江苏省“十二五”重点一级学科称号，2013年获得博士学位授予权，2016年被遴选为江苏省“十三五”重点一级学科。2014年计算机技术专业学位硕士点获得授予权。2014年江苏省专用集成电路设计重点实验室挂靠学院，学院同时还建有通科微电子学院、阿里云大数据学院、南通大学信息科学技术研究中心和南通市电子信息技术公共服务平台。学院设有信息工程系、通信工程系、电子工程系、生物电子学系、计算机科学与技术系、软件工程系、网络工程系、计算机基础教学部8个系(部)、学院实验中心、南通大学EDA实验中心、南通大学信息与通信工程实验中心、计算机应用技术实验教学中心等。
学院现有教职员工210人，其中专任教师170人，教授28名，副教授80名，博士99人，硕士66人，专任教师的高职比为63.53%，具有博士学位的人数占专任教师总数的58.24%。学院现有全日制本科110个班级，共有学生3410人，硕士生268人，博士生10人。
学院主持建设通科微电子学院和阿里云大数据学院两个校地产业学院，与清华大学陆建华院士团队共建南通先进通信技术研究院。信息与通信工程一级学科博士点和硕士点分别通过了专项评估和合格评估；计算机技术专业硕士点通过了合格评估；信息与通信工程学科取得全国第四轮学科评估C+成绩，全国排名前40-50%；专用集成电路设计重点实验室2018年通过省教育厅验收；信息与通信工程省“十三五”重点学科通过中期考核；ESI工程学排名进入前1%，学院贡献度超过50%。
学院建有南通市电子信息技术公共服务平台、南通市虚拟现实技术公共技术服务平台、南通市高性能计算重点实验室，南通市射频产品设计与检测公共服务平台等。学院先后与南通富士通微电子股份有限公司、韩华新能源（启东）有限公司等10多家企业深入开展产学研合作，提供技术指导、专业咨询和科研合作，获得企业的好评。